Trong phần 3 của series Bác Sĩ Vô Danh, Bác sĩ (do David Tennant đóng) tiếp tục cuộc phiêu lưu với cỗ máy thời gian TARDIS của mình. Trong mỗi tập phim, Bác sĩ và các bạn đồng hành của mình phải đối mặt với nhiều thách thức nguy hiểm từ những kẻ thù nguy hiểm như Daleks và Cybermen. Phần 3 cũng tập trung vào mối quan hệ giữa Bác sĩ và Martha Jones (Freema Agyeman), người trở thành bạn đồng hành mới sau khi Rose Tyler rời bỏ. Martha là một bác sĩ y khoa thông minh và can đảm, luôn sẵn lòng giúp đỡ Bác sĩ trong mọi cuộc phiêu lưu. Bên cạnh việc chống lại các kẻ thù, Bác sĩ cũng phải đối diện với những quyết định khó khăn và những khám phá mới về bản thân và quá khứ của mình. Phần 3 của series này mang lại nhiều cảm xúc và điểm nhấn mới cho câu chuyện về Bác Sĩ Vô Danh.