Trong phần này, Kenshin và nhóm của mình phải đối mặt với Makoto Shishio - một tên trùm tội phạm nguy hiểm đã sống sót sau khi bị Kenshin đánh bại trong quá khứ. Shishio muốn lật đổ chính phủ Meiji và thiết lập một chế độ mới dựa trên sức mạnh của mình. Trận chiến giữa Kenshin và Shishio trở nên gay gắt hơn khi Kenshin phải đối diện với quá khứ của mình và quyết định giữa việc sử dụng kiếm để bảo vệ hay tiêu diệt. Trong khi đó, Misao cùng Oniwabanshu cũng phải chiến đấu để bảo vệ Kinh Đô mới khỏi sự thống trị của Shishio. Phim Lãng khách Kenshin: Kinh đô mới mang lại những pha hành động mãn nhãn, những tình tiết căng thẳng và sự phát triển tâm lý sâu sắc của các nhân vật. Đồng thời, nó cũng là câu chuyện về lòng can đảm, trách nhiệm và hy sinh để bảo vệ điều mà họ yêu quý.