Trên hành trình tiếp tục đối đầu với các siêu anh hùng biến chất, đội The Boys sẽ phải đối mặt với những thách thức mới và nguy hiểm hơn bao giờ hết. Hughie, Butcher, Starlight và các thành viên khác của đội sẽ phải tìm cách chống lại Homelander - siêu anh hùng mạnh nhất và nguy hiểm nhất trong số họ. Trên bên kia chiến tuyến, Homelander cũng không dễ dàng khi phải đối diện với sự phản kháng từ Maeve, Stormfront và Black Noir. Cuộc chiến giữa các phe phái sẽ trở nên gay gắt hơn bao giờ hết, khi mọi người đều có mục tiêu riêng và không dễ dàng từ bỏ. Bên cạnh việc theo dõi cuộc chiến giữa The Boys và các siêu anh hùng biến chất, phần 3 cũng sẽ khám phá sâu hơn về quá khứ của các nhân vật chính, từ Butcher đầy bí ẩn cho đến Starlight với quãng thời gian khó khăn khi mới gia nhập The Seven. Những bí mật được hé lộ sẽ khiến cho câu chuyện trở nên rắc rối và ly kỳ hơn. Với việc tập trung vào diễn biến câu chuyện và nhân vật chính qua tình tiết mới lạ, Siêu Anh Hùng Phá Hoại (Phần 3) hứa hẹn sẽ mang lại cho khán giả những khoảnh khắc căng thẳng, gay cấn và không thể lường trước. Đồng thời, bộ phim cũng muốn gửi đi thông điệp về quyền lực, công bằng và trách nhiệm trong xã hội hiện đại.