Bộ phim Yêu Em 3000 Lần xoay quanh câu chuyện về Thẩm Hành Trần, một chàng trai trẻ tài năng và giàu có. Sau một vụ tai nạn xe hơi, anh tỉnh dậy và nhận ra rằng hồn mình đã nhập vào thân xác của người em trai sinh đôi, Hà Dư Xuyên. Để bảo vệ bí mật này, Thẩm Hành Trần phải sống dưới danh phận giả và đối mặt với những thách thức từ người yêu cũ, Giang Mộ Dịch. Hai người bắt đầu điều tra vụ tai nạn và khám phá ra một âm mưu lớn hơn đứng sau sự cố đó. Trong quá trình làm việc cùng nhau, tình cảm giữa Thẩm Hành Trần và Giang Mộ Dịch dần trở nên sâu đậm hơn. Họ phải vượt qua những khó khăn, hiểu lầm để cuối cùng tìm được hạnh phúc trong tình yêu của mình. Với sự kết hợp giữa yếu tố tâm lý, huyền bí và tình cảm, Yêu Em 3000 Lần mang đến cho khán giả những cung bậc cảm xúc khác nhau và điểm nhấn là sự giao thoa giữa hai linh hồn trong một thân xác.